pakomentuokit patį skriptą (cut sintakse), nes kliūna reikalas :(

#!/bin/bash
mkdir data
mkdir data/a data/b
for line in $(cat index.txt); do
   src=$(echo $line | cut -d " " -f 2- | cut -d "/" -f 3-)
   dest=$(echo $line | cut -d " " -f 1)
   mv -vf "data/$src" "data/$dest/"
done

Kadangi direktorijos yra sukurtos /TREC2007/data/a ir /TREC2007/data/b

tai leidžiu tik tą dalį:

for line in $(cat index.txt); do
   src=$(echo $line | cut -d " " -f 2- | cut -d "/" -f 3-)
   dest=$(echo $line | cut -d " " -f 1)
   mv -vf "data/$src" "data/$dest/"
done

ką gaunu:

root@Linux:~/TREC2007# ./atskirti1
mv: nepavyko perkelti `data/a' į žemiau esantį savo aplanką, `data/a/a'
mv: dirbama su `data/../data/inmail.1/': Not a directory
mv: nepavyko perkelti `data/b' į žemiau esantį savo aplanką, `data/b/b'
mv: dirbama su `data/../data/inmail.2/': Not a directory

Kaip suprantu iš index.txt paima, bet supranta kaip direktorija? 
`data/../data/inmail.1/'  iš kur tas / gale? ir susidubliuoja kazkur tas a 
'data/a/a'

index.txt turinys tiksliai toks:
a ../data/inmail.1
b ../data/inmail.2

čia gal tų taškų (../) perdaug ?

nebarkit labai, unix tik mokaus, neklausinėčiau, jei būt neįdomu.

ačiū už kantrybę ir protingas mintis